T-Coffee
T-Coffee (del inglés Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation, función objetivo de coherencia basada en árbol para evaluación de alineamientos) es un software para el alineamiento múltiple de secuencias que utiliza un enfoque progresivo, basado en métodos de consistencia, es decir, que sea capaz de generar alineamientos múltiples que representen con la mayor fidelidad el alineamiento de las secuencias por parejas. Genera una biblioteca de alineamientos de pares para guiar el alineamiento múltiple de secuencias.